一般情况下，怀孕吃了黄体酮有褐色分泌物可能是正常现象，也可能是先兆流产、异位妊娠等因素引起的，需根据实际情况进行处理，具体分析如下：

1.正常现象：黄体酮属于孕激素，服用后可起到调节体内激素水平、保胎等作用。在调整体内的黄体功能之后，可能会出现撤退性出血的现象，如无其他不适症状，一般是正常的生理现象，无需特殊处理，保持局部清洁即可。

2.先兆流产：染色体异常、孕妇吸烟等情况容易引起先兆流产，常伴有腹痛、阴道出血等症状，可能会出现怀孕吃了黄体酮有褐色分泌物的情况，需在医生的指导下服用叶酸片、保胎丸等药物进行治疗，还要保持相对安静的环境。

3.异位妊娠：怀孕吃了黄体酮有褐色分泌物也可能是异位妊娠引起的，还伴有小腹痛的情况，需要在医生的指导下通过输卵管妊娠保守性手术进行治疗。

怀孕之后，需注意适当休息，避免过度劳累，还需定时到医院进行产前检查，帮助判断胚胎的发育情况。